Brojna istraživanja su pokazala da su sunđeri, ukoliko se ne održavaju, adekvatna podloga za taloženje bakterija, stoga je nužno redovno ih menjati i dezinfikovati.

Nakon svake upotrebe sunđera, potrebno je dobro ga isprati, a na svaka dva dana, poželjna je dezinfekcija. Ona se u domaćinstvu može postići na nekoliko načina, a jedan od popularnijih je upotrebom mikrotalasne rerne. Naime, potrebno je sunđer isprati i dobro ga ocediti. Postaviti na stakleni tanjih i ubaciti u mikrotalasnu rernu dva minuta, potom tanjir sa sunđerom izvaditi i pre upotrebe sačekati da se ohladi.

Još jedan način dezinfekcije moguć je pomoću sirćeta. Potopiti sunđer u sirće i ostaviti najmanje sat vremena, mada je preporuka da ostane potopljen preko noći. Nakon toga, sunđer procediti i dobro isprati vodom i tečnošću za pranje sudova.

Pored redovne dezinfekcije, sunđer za pranje sudova je poželjno menjati svake nedelje.